當大氣中「碳」的濃度越來越高，透過種樹、妥善利用森林資源，是調節碳循環、減緩極端氣候的好方法。多年來，慈心基金會在所屬的林場，默默植樹造林、做好水土保持，山林逐漸恢復蒼鬱的原貌，不但保護了環境，也豐富了生態，為地球減碳，付出一份心力。
位於高雄美濃與六龜交界處的六龜慈心林場，二十多年來，由於林場未再砍伐，因此豐富的原生植物得以保留，其中以麻竹和相思樹最多，除維持原有林相，基金會並選擇適合南部低海拔山區的樹種補植，例如：櫸木、光臘樹、黃連木等，短時間內即成林成蔭，對於碳匯提供了莫大的助益，這樣的自然寶庫，也是許多種動物的棲息地，例如，朱鸝、紅山椒鳥、黑枕藍鶲、領角鴞、鳳頭蒼鷹、大赤鼯鼠，冬天還有候鳥來訪，蛇類也不少，偶爾也有大型動物如山羌、野豬拜訪的痕跡，置身其中即可感受蟬鳴鳥叫、綠野芬芳的舒爽。
另外，慈心基金會規畫了梅山慈心林場造林計畫，以植樹改變林相，為生態自然、為減緩地球暖化盡一份心力，並希望帶動附近居民加入種樹行列。多年前，附近居民看到義工種下小樹苗，不解為什麼這群人這麼傻，不移植一些已長大又好照顧的樹木？其實小樹苗在生長過程中，根系逐漸深植土壤才能護土，當年的小苗已逐漸長成大樹，當居民看到這些大樹時，不再嘲笑義工傻，反而流露出讚許的眼神。
森林土壤更是最佳的碳匯庫，根據農委會林試所 2011 年公佈的研究發現:「一項針對全台近 150 萬公頃國有林地土壤固碳力的調查，發現 30 公分厚土壤及枯枝落葉層的碳儲存量約 7,791 萬公噸，此項發現初步證實森林土壤極具緩和全球氣候變遷的潛力。研究指出 30 公分以上的土壤及枯枝落葉層的碳含量，約占土壤一半以上，越往下的土地含碳力逐漸降低。越接近表面的土壤碳含量高，是來自枯枝和落葉，兩者是有機碳的主要來源；而地表枯落物的分解累積量，則隨海拔增高、溫度愈低而減少，換句話說，越高越冷的地方隨著枯落物分解累積量減少，含碳量也跟著遞減。」
「樹木會吸碳，難道不能砍樹了嗎？」其實樹木吸碳的效率，跟人類生長吸收養分的曲線一樣，小樹到青壯年時，吸碳效率最高，等到樹木開始老化，吸碳效率就會下降、漸趨於零。因此，在符合生態原則下，砍下成熟的大樹，並種下新樹苗，反而可以加快森林吸碳的效率。而砍下的木材除用在建築材料、木製家具、工藝品等，還可供作紙漿、種植菇蕈等產品，透過上述形式的利用，碳除了可以繼續儲存在木材裡，也是一種創造經濟價值的方式。