第三止觀自性分二。初奢摩他自性．如解深密經云．「即於如是善思惟法．獨處空間內正安住．作意思惟．復即於此能思惟心．內心相續作意思惟．如是正行多安住故．起身輕安及心輕安．是名奢摩他。如是菩薩能求奢摩他。」義謂隨所定解十二分教中．五蘊等義為所緣境．由念正知．令能緣心於所緣境．相續安住而不散亂。故心於境能任運住．若時生起身心輕安所有喜樂．此三摩地即奢摩他。此由內攝其心不散所緣即能生起．不要通達諸法真實。
二毘缽舍那自性．即前經云．「彼由獲得身心輕安為所依故．捨離心相．即於如所善思惟法內．三摩地所行影像觀察勝解．即於如是勝三摩地所行影像所知義中．能正思擇最極思擇．周遍尋思周遍伺察．若忍若樂若覺若見若觀．是名毘缽舍那。如是菩薩能善巧毘缽舍那。」此經宣說毘缽舍那是觀察慧．最極明顯無可抵賴．傳說支那堪布見已謗云．「此是經否不得而知．」用足毀踏。因彼妄計一切分別皆執實相．要棄觀慧全不作意．乃為修習甚深法義．不順此經故用足毀．現見多有隨此派者。聖無著說．「正思擇者謂思擇盡所有性．最極思擇謂思擇如所有性．以有分別慧作意取諸相時名周遍尋思．真實觀時名周遍伺察。」尋謂粗思．伺謂細察．取諸相者非執諦實．是明了境相．由是思擇如所有性盡所有性．皆有周遍尋思及周遍伺察。
寶雲經說義同深密．如云．「奢摩他者謂心一境性．毘缽舍那者謂正觀察。」慈尊於莊嚴經論云．「應知諸法名．總集為止道．應知妙觀道．思擇諸法義。」又云．「正住為所依．心安住於心．及善思擇法．應知是止觀。」依定住心說名為止．善擇法慧說名為觀。前經密意作是解已．令更不能別解經義．菩薩地云．「於離言說唯事唯義所緣境中繫心令住．離諸戲論．離心擾亂想作意故．於諸所緣而作勝解．於諸定相令心內住安住等住．廣說乃至一趣等持．是名奢摩他。云何毘缽舍那．由奢摩他熏修作意．即於如先所思惟法思惟其相．如理簡擇．最極簡擇．極簡擇法．廣說乃至覺明慧行．是名毘缽舍那。」此與前說極相隨順．此文雙解經意及慈尊意．故於前文所明止觀應生定解。修次中編亦云．「外境散亂．既止息已．於內所緣恆常相續任運而轉．安住歡喜輕安之心．是名奢摩他。即由安住奢摩他時．思擇真實．是名毘缽舍那。」般若波羅蜜多教授論云．「盡所有性如所有性無分別影像者．是止所緣。盡所有性如所有性有分別影像者．是觀所緣。」此說於如所有性盡所有性不分別住名奢摩他．思擇二境名毘缽舍那。解深密經云．「世尊．幾是奢摩他所緣．告曰一種．謂無分別影像。幾是毘缽舍那所緣．告曰一種．謂有分別影像。幾是俱所緣．告曰有二．謂事邊際所作成辦。」集論於事邊際．開說如所有性及盡所有性之二。寂靜論師如前所說止觀皆能俱緣如所有性盡所有性。是故止觀非就所緣境相而分．既有通達空性之止．亦有不達空性之觀。若能止心於外境轉．住內所緣即說名止．增上觀照即名勝觀。
有說內心無分別住．無明了相說名為止．有明了力說名為觀．此不應理。以與佛經及慈尊無著之論．並修次第等諸廣決擇止觀相者．說於所緣心一境性勝三摩地名奢摩他．於所知義正揀擇慧名毘缽舍那皆相違故。又無分別心有無明了之力者．是因三摩地有無沈沒之差別．以此為止觀之差別．極不應理．以一切奢摩他定皆須離沈．凡離沈沒三摩地中．心皆定有明淨分故。故緣如所有性之定慧．是就內心證與未證二無我性隨一而定．非就其心住與不住．明了安樂無分別相．而為判別．以心未趣向無我真實者．亦有無量明樂無分別三摩地故。雖未獲得實性見解．但若執心令無分別．現可生起。故未解空性．生無分別定無少相違．若能由此久攝其心．以攝心力風生堪能．身心法爾能生喜樂．故生喜樂亦不相違。喜樂生已．即由喜樂受相明了力令心明了．故說一切明了安樂無分別定．皆證真性全無確證。諸證空性妙三摩地．雖有明樂無所分別．諸未趣向空性之定．亦有極多明了安樂及無分別．故應善辨二定差別。