師赴藏前，即一九四○年五月，傳法於台源和尚，主持寺務，並委能觀法師（前華西大學教務長程芝軒）負責法務。臘月初八，宗大師像開光，由喜饒嘉措大師親來主法，極一時之盛。四一年春由台源老法師傳戒一期，莊嚴隆重。及秋，不幸台、觀二師相繼圓寂，師悲痛失臂，寺務復由師自行主持。初建沙彌堂，由興法上座為堂主。
一九四二年春，師主譯《大時輪上師相應法》於近慈寺，並舉行大威德金剛大灌頂二十餘日。四眾雲集，興大供養，盛況空前。安居中講《大威德生起次第》。
一九四三年赴綿竹開辦西山雲悟寺作為專修之所，命金剛院上座靜修閉關。師即在此安居，譯《大威德生圓次第秘密伽陀》、《三尊勝贊供養飲食觀行儀軌》、《水陸供施儀》、《清淨法身天香供養法》等。改任清定法師為沙彌堂堂主。
往返綿竹途中，曾兩應彭縣人士之請，講經於龍興寺。因修塔之宿願未了，於法筵圓滿，觀感益深。與彭地人士再商重修龍興寺佛塔，因茲事體大，非賴全川全國力量不可，於十一月初二，由師及法光和尚等率諸山長老及四眾，設壇宣誓於文殊院，幡蓋鈴鐸，香華酥燈，種種供養，由師述其因緣，聞者歡喜，皆發大心，成立重建益州龍興塔籌委會，訂立建塔方案，並作緣起及誓願。（見覺有情一九四八年六月號）是年年底，龍興塔儀存一瓣放光三日，人皆稱異。
一九四四年春在龍興寺安居，自建磚窯，僧眾參加製磚，監督窯工燒製。塔式仿印度菩提道場舍利塔，正中一大塔，四隅各一小塔，先監製木刻模型，高一丈餘。並興修模型塔，高二十四米。安居中講《生起次第》、《定道資糧》及《圓次大要》，並譯出布登大寶論師集造《佛塔修造供養功德義利分別集經》（見覺有情一九四八年七、八期）。是年蔣介石曾派人請師出任國民參政會參政員，後又聘入陪都宗教聯誼會（蔣令：孔祥熙、白崇禧、何明華、太虛、于斌為孔教、回教、基督教、佛教、天主教理事，師為顧問。）師均毅然謝絕。
一九四五年春，偕部分上座至彭縣太平寺安居，講《法蘊足論》大意及《大威德圓成次第》。譯《律海心要》，秋季講於近慈寺。圓滿後赴廣漢龍居寺傳戒，臘八戒期圓滿，講《菩提道次第》及《佛塔功德經》。冬，近慈寺譯經院部分落成，師親撰門聯：「通聖言而遍寰宇，導世界以趣大同。」示譯經宗旨，並著手培養學人，研習漢藏語文。
其先美國學人羅加思，得瑞典漢學家高本漢學生馬悅然教授介紹，來近慈寺聽經，請師說皈依，留住三月。同時，比利時天主教徒二人，美國哥倫比亞大學研究生，亦來近慈寺聽講。四川華西大學學生，常逢周日赴寺聞法。
一九四六年住成都之美國新聞處長持羅斯福總統親筆函見師，請赴美講學：「中國四川成都南郊近慈寺，能海大法師：敬請駕臨我國，弘揚佛法，以濟國人道德之貧乏。」師以法務在身，未往，並曰：「今後有人去！」
是年春，昭覺寺舉行和平法會，請師講經，每日三、四千人，盛極一時。後因峨山毗盧磚殿被焚，師囑普超師籌修復，準備為普賢菩薩裝臟開光。五月，譯經院印出《法蘊足論》及附講《阿毗達摩義》。始譯《毗盧儀軌》，並迎來蒙古阿闍黎興善喇嘛，請示手印事相、金科繪制次第要義，師禮事至誠，率眾從學。重慶弟子，發起鑄造大威德銅像一尊，仿北京北海白塔所供，委託北京加工。
一九四七年，師於彭縣太平寺安居，每月燒大火供十五座。五月半起，擇要敷講《法蘊足論》、《圓成次第》、《生起次第粗細修法》、《慧行刻意》等。譯校《大威德怖畏金剛甚深道第二圓成次第》前三卷。譯完《毗盧儀軌》，印發弟子。並請興善喇嘛教念誦手印等事相。經房印出奘師譯《藥師琉璃光如來本願功德經》。師修慈聖庵，由智山師主其事。師應重慶僧俗之請，在鄭壁城居士所供之別墅中，成立重慶金剛道場，命清定法師住持。四月十五日作第一屆安居，一切軌制，悉依近慈根本道場。七月北京大威德銅像運到，師親率全寺僧眾迎至近慈寺，盛況空前，供奉於威德殿，並請章嘉活佛參加開光，四眾踴躍。
一九四八年講《毗盧儀軌》，親領部分僧眾學習念誦。加緊燒磚，並為彭縣模型塔鑄頂培基，於年內落成。興善老喇嘛製就木雕大威德金科，繪製毗盧金科等，存譯經院。解夏後，赴京迎請扎薩喇嘛，並發起印行龍藏，道經上海。九月一日，駐錫覺園，為清定法師弟子傳授《大悲儀軌》、《五字真言》、《雅馬達嘎略法》、《護摩略法》等。講《普賢行願品》約二週。又應妙真和尚之請，赴蘇州靈岩山二日，開示法要。廿六日飛京，北海菩提學會講《律海十門》，於居士林講《定道資糧》，京滬勝會，聽眾之盛，感受之深，一般罕見。十月十八日陪扎薩老喇嘛來滬，廿一日同機飛蓉，迎喇嘛住譯經院，教授弟子。為鐵象寺傳比丘尼戒事，與貫一老和尚商定，授隆蓮法師為尼和尚，以建立二部僧傳戒。
一九四八年師曾函復清定法師「汝在東南弘法，不必回川。」四九年應清定法師請，派常超師等四位上座赴滬助辦法會，後因覺園來僧漸多，滿二十人，即成立上海金剛道場，開始安居。是年峨山磚殿修造將竣，師率四眾在新修之慈聖庵安居。由融空、照通師負責，籌備裝臟，每日四座《大威德》，二座《毗盧儀軌》，由蒙古喇嘛領念。自恣後，裝臟開光，磚殿彩畫一新，普賢聖像全身貼金，面部坭金，極盡莊嚴。講《普賢行願品》圓滿後，又應請到嘉定了性洞及重慶講經。然後回近慈寺傳戒。
是年秋，講經於龍興寺。道場五大金剛像成，由滿勝、照通二師負責彩畫，貼金裝臟，由師主持，隆重開光。
一九五○年春在綿竹雲悟寺譯《大威德怖畏金剛甚深道第二圓成次第》後二卷竟。
是年九月，師專程送扎薩喇嘛回京，先住北海菩提學會，旋遷西黃寺。該寺例辦摩尼法會，已中斷六年，師助三百元，令其恢復。並應請在居士林講《金剛經》，後舉行法會，聽眾踴躍歡喜。上海金剛道場亦呈函邀請。師偕仁敬師十月十八日赴滬，開講《比丘戒》、《律海十門》。又到蘇州、寶華山講經、講戒十餘日。回滬講《菩提道次第心論》。同時建造大威德金科，印行三尊聖像。並親書法卷，交仁敬師抄清後，授清定法師接法和尚阿闍黎位。
一九五一年新正，師為滬上弟子舉行大威德五部大灌頂，三百餘人分五壇，十日完成，又講解三日。復應陳銘樞等之請，赴漢口講《菩提道次第》。古曆六月應邀赴京講《定道資糧》。
是年土改，農民實現土地還家，近慈寺近百名僧人分得離寺較遠百餘畝田，而近處之自種田四十餘畝全被分去，應否爭取，僧眾不決，函問上師及佛教會。師曰：「決不同農民爭土地，任工作組和農民處理決定。」佛教會覆信，亦依師說。後經土改復查，此四十餘畝田地，全部換還寺僧。
一九五二年初，再校《大威德怖畏金剛甚深道第二圓成次第》前三卷。赴五臺山廣濟茅蓬安居，講《基本三學》。清涼橋能悟師請師往住，師赴橋視察，深感原屬律寺，處境清靜，可建道場。秋赴上海金剛道場，每日上午譯經，下午講《普賢行願品頌解》。原擬續講《生圓次第》全部。近慈寺上座，如先學、照通、請佛、成佛、仁光、能法、通一、常浩、果護等得清定法師通知先後赴滬。十二月復應邀參加以宋慶齡為團長之和平代表團，出席維也納世界人民和平會議，約一月餘。會後取道莫斯科經外蒙回京，住廣濟寺，隨同行緬甸僧眾返上海金剛道場，講完《行願品頌解》。彌陀誕日邀請喜饒嘉措大師來道場傳授長壽法，演說《四法印》，師親自奉侍，為眾表率。出國期間，清定法師遵囑講《華嚴經十無盡藏品》。
一九五三年印出《現證莊嚴論根本頌》及《顯明義疏》，以及所集《辯識阿含集頌》二部巨著。新正起講《基本三學》約一月，又講《現證義疏》二品。三月中旬，又舉行大威德灌頂二壇，各數十人，極為殊勝。法會圓滿，決定上五臺山，開辦道場，選定清涼橋吉祥律院，傳戒弘戒，進修定慧，一遵近慈寺規。令先學師等部分上座先去修理住處，準備安居。照通、仁敬、仁定師等，隨師赴京，籌備運送藏經至清涼橋。師在京參加中國佛教協會成立會議，當選為副會長。並在居士林講經後，先行上山，住善財洞，弟子等隨上，因培修等事，遷後安居。十月於清涼橋開講《四分律根本阿含》。
一九五四年春，師到廣濟茅蓬，為大殿毗盧佛裝臟，由照通師計劃，通一師製作。上海金剛道場居士二十四人朝臺，參加裝臟寫經，並聽師講《慧行刻意》等。講經後返清涼橋安居，培修殿宇，師以古稀之年，親自參加各項活動。清涼橋冬季氣候達零下三十餘度，師選中此地，以其可以半年學修，半年勞動，地處深山，遊客甚少，適宜修行。故雖生活寒苦，有師引導，眾心熾然向道也。
五月初參加山西省政協後回橋，八月由四川省選任第一屆全國人大代表。九月初赴京出席會議，參加國慶觀禮。十月底回橋，續講《四分律根本阿含》。
一九五五年春，重校《圓成次第》後二卷。於清涼橋舉行傳法，以投票方式，推選有十夏安居以上之上座為和尚，選出先學、照通、請佛、成佛、通一、常浩、貞意七位為和尚。師親給法卷。能作戒和尚傳戒。新戒可自選一人為戒和尚。師自居戒源和尚，戒壇名慧燈堂。旋赴滬，在金剛道場講《菩薩戒集頌》。中間應邀赴京，參加以郭沫若為團長之代表團，出席印度新德里召開之亞洲國家會議。會後朝禮聖跡，取道仰光回滬，講完《菩薩戒集頌》。每日下午令清定法師入室，引修大威德生圓次第，細密開示甚深法要。五月離滬赴京開會，清定法師至車站送別時，師有難得再見之語，清師依依惜別，無限惆悵。在京出席人大一屆二次會議後，返清涼橋，開講《現證莊嚴論義疏附講》。
一九五六年，安居後，因重慶金剛道場來信，派照通、仁定師赴渝，為佛像裝臟開光。師自赴京參加人大一屆三次會議。八月與趙樸初接待日本佛教徒。九月初在首都機場迎接國際佛教僧侶代表團，並在廣濟寺及雍和宮，舉行歡迎儀式及講經法會。九月二十八日參加中國佛學院開學典禮，五臺僧常浩、通一等六人進入該院學習。於參觀國慶典禮，送別僧侶代表團後，即赴太原佛協，轉交城玄宗寺，禮曇鸞祖師道場。十月底回橋，十一月續講《現證》。
一九五七年初講論圓滿後，赴京出席全國佛教代表會議，有一居士提出修改戒律，師不許，謂戒乃佛親自制定，不得隨便改動，居士猶未學戒，如何改戒？故改戒議被否決。會後於居士林講經，弟子照通、仁敬師等，趕緊將龍藏運至五臺。師返太原出席山西省政協後，四月初回橋安居，講《皈依三寶攝要頌》。
一九五八年初回清涼橋，三月赴廣濟寺安居。九月底到太原養病。年底聞在京主持修塔之鄭壁成居士病故，急赴京助理後事。
一九五九年春西藏叛亂，師發表談話，載人民日報。時班禪大師到京，會同在廣濟寺及雍和宮舉行法會及講經，並出席全國人大二屆一次會議。會後赴大同雲崗朝禮石佛，回廣濟茅蓬安居。五月接待喜饒嘉措大師及趙樸初朝臺。十月底開講《上師無上供養觀行法》。
一九六○年一月底開講《舍利弗阿毗曇禪定品》。三月底赴京出席全國人大二屆二次會議，回廣濟茅蓬。五月下旬出席太原省政協會議。後赴京住廣濟寺作半安居，九月初回碧山寺，參加政治學習。開始精研《增一阿含》，撰寫《學記》。
一九六一年六月學習結束，回清涼橋，十月初八開講《辯識阿含》及《慧行刻意》。
一九六二年正月講圓滿，二月赴京參加全國佛教代表大會。朱德親赴廣濟寺，為師贈衣。會中獲悉近慈寺老喇嘛病重，急飛回蓉探望，住三週，舉行傳法儀式，由永光法師主持近慈寺。出席四川省政協會後，隨四川代表赴京，參加全國人大二屆三次會議。會後回五臺山善財洞安居。十月八日在清涼橋對照《辯識阿含集頌》講《四分律藏》。
一九六三年在清涼橋安居。因年邁體衰，不堪久事奔波，向人大及省政協請假。十月初八續講《律藏》及《辯識阿含》。
一九六四年續講《律藏》及《金剛經》、《增一阿含入道品》，並經常教修《三皈依觀》。四月在清涼橋安居。五、六月培修楓林寺，師對此甚關心，親往指導，為毗盧佛裝臟開光，助金上千，九月準備赴京，因臺山宗教辦事處勸阻未果。未幾，即參加廣濟茅蓬四清學習。
一九六五年，四清學習結束後，回善財洞安居。住該寺近二年。每日念誦外，全神閱讀《雜阿含》，整理《學記》。一九六六年繼續研讀《阿含》，寫《學記》，直至文革。