一九六六年夏，十年動亂開始，寺廟首當其衝。鬧事者先綁架僧團一人遊街，至善財洞師住處，喧嚷一陣而去。數日後，於顯通寺開會鬥爭深德上座，用板車推師出席，令師對文革表態，師一言未發，有人欲打師，老侍者仁慧師，以身衛護。由是師與侍者同被禁於一室。為首數人，製造眾罪，誣陷誹謗，劃師為黑幫首領。師不但不怨，且若無事。又有人持棍逼打侍者，師毅然挺身而出曰：「有事問我，不需打他，他不知道。」彼等見師正氣凜然，未敢輕犯。其間茅蓬及清涼橋慈海、圓徹、照通、智敏師等十餘人被揪出，共關於一室。個別善良青年，見師年高，供師細糧，師謝謂能粗食，彼仍暗中將白麵饅頭置師碗中。
二月後，清涼橋全部僧人被遷至山下，令五、六位僧人回橋，嚴刑酷打，搞逼供訊，結果一死餘傷。橋上全部聖像被毀，師室內經書、法器、財物，被搶砸一空，僧眾均被查抄。九月十日，廣濟茅蓬僧人亦被查抄，經像被毀。下午師及深德師被鬥，七人陪鬥。十五日師移居茅蓬，被解除侍者，參加勞動，只堪粗食，集體生活。師雖備受種種凌辱折磨，始終逆來順受，不失常度，坦然置之，不怨不尤，且觀眾生業力現前，甚可悲憫，今雖惱我，消我宿業，我有緣，令發菩提也。文殊菩薩十種無盡甚深大願之二：「若有眾生，毀謗於我，瞋恚於我，刑害殺我，是人於我自他，常生怨恨，不能得解，願共我有緣，令發菩提之心。」師常願曰：「三界眾生無餘作恚怒，不存須微怨恨不視聞，乃至斷命不報不鬥害，能作利彼忍度圓滿求加持。」又曰：「十方虛空盡邊際，有情普利修習故，文殊如何所行為，願我行為亦如是。」於彼大苦磨難之中，竟能如是泰然處之，安然自若者，非成就文殊大願，圓滿忍辱波羅蜜之現身說法乎？於此益見師如說能行，學行一致，極其可貴之真實功德也。
是年底紅衛兵宣布解散全山寺廟，遣返全部僧人，各回原籍，師問：「是否當走？」左右茫然應諾。卅一日晚，師照常隨眾學習，並無不適，曾有小孩數人入室打擾，隨即散去，一切正常。是晚中夜，師起小溲，遇澄宗師曰：「明日代我請假，就說我不好了。」次日六七年元旦，深德師起身，見師搭衣擁被，雙趺端坐，呼之進早齋，不應，急告鄰鋪之圓徹師：「老法咋不動耶？」圓師趨前視師，則早已宴然坐化矣。師是晚起解之後，約二、三小時，說走就走，撒手而去，全身溫暖如生，頂門最熱，非生死自在、功夫純熟，曷克臻此？嘗有人請師顯些神通調伏眾生，師曰：「今不能顯，臨終時看。」最後一著，果然如此自在。
荼毗之日，有聞異香，亦有舍利。師世壽八十一，僧臘戒臘均四十三。
四人幫粉碎後，一九七九年三月，在五臺山佛教協會主持下，於顯通寺召開能海法師追悼大會，為師昭雪平反，推翻一切誣陷不實之詞。國務院宗教事務局、中國佛教協會等，均有唁電及代表出席，諸山長老及各地信眾紛紛電唁或來人，同悼一代大師，與世永訣，而大師之懿行碩德，豐功偉績，則將與世同存，永垂不朽。
一九八一年於靜寂穆肅之寶塔山麓，建成師之舍利白塔，藏密形式，莊嚴如法，前有石碑，由趙樸初居士撰書塔銘，文曰：
能海法師塔銘
承文殊教 振錫清涼
顯密雙弘 遙遵法王
律履冰潔 智刃金剛
作和平使 為釋宗光
五頂巍巍 三峨蒼蒼
閟塔崇岳 德音無疆佛曆二千五百二十五年八月
趙樸初敬撰並書
師一生弘法利生之大願大行，必將永久銘記於佛弟子心中，並將繼續策勵有情，趨向菩提，窮未來際，利樂無盡！